Интерьер клетки с точки зрения движущегося белка

Клеточные структуры, такие как мембраны, цитоскелет и геном ДНК формируют динамический трехмерный лабиринт в клетке. Белки должны найти, что их путь через него достигает мест, где они активны.

Соответственно, пространственная структура интерьера клетки – ключевой фактор для транспорта белка и функции клетки. «Клеточные структуры визуализировались во многих микроскопических исследованиях. Но все еще неясно, как распространяющийся белок в клетке ‘чувства’ эта внутренняя сеть препятствий», говорит доктор Рипп.

Чтобы обратиться к этому вопросу, его команда разработала метод, чтобы вывести клеточную топологию из случайного движения белков. Команда построила их собственную систему спектроскопии флюоресценции, чтобы наблюдать флуоресцентные белки.

По словам Карстена Риппа, самые большие препятствия были плотно переполненными областями ДНК в ядре клетки.«Белок в клетке перемещается во многом как мрамор в игру лабиринта, обманывая ее путь через лабиринт», сказал Михаэль Баум, первый автор исследования, который преследовал исследование как часть его диссертации в Гейдельбергском университете.

Мрамор перемещается легко через короткие расстояния, но тогда они сталкиваются с препятствием и замедлены, как они проходят. Это приводит к путешествию «останавливать-и-идти» с уменьшенной средней скоростью по более долгим расстояниям.

В их анализе движений белка Гейдельбергские исследователи нанесли на карту расстояния и соответствующие времена перемещения, необходимые для этого путешествия, приводящего к среднему расстоянию между препятствиями. Математическая модель на основе этих данных позволила ученым описывать измеренное движение белков в клетке и восстанавливать ее топологию – в значительно лучшей резолюции, чем в настоящее время возможный с изображениями световой микроскопии, как указывает доктор Рипп.«Структура препятствия, с которой сталкивается белок, перемещающийся через клетку, пористая, во многом как губка», объясняет Гейдельбергский исследователь.

Большие белки были иногда пойманы в ловушку в этой динамической структуре в течение нескольких минут. Кроме того, наркотики, используемые в химиотерапии или лечить малярию, как находили, затрагивали подвижность белков в ядре и делали чащу ДНК более водопроницаемой. Доктор Рипп и его команда теперь планируют применить их новый подход в дальнейших экспериментах в Центре BioQuant Гейдельбергского университета и немецкого Центра Исследований рака.

Они сосредоточатся на взаимосвязи между вызванными препаратом изменениями в структуре клетки и транспорте белка, а также связанной с болезнью отмене госконтроля этого процесса.


Блог обо всем