Ученые уменьшают повреждение кристалла белка, улучшают фармацевтическое развитие

Ученые, которые используют сильные лучи рентгена, чтобы изучить кристаллы белка, сталкиваются с дилеммой: лучи обеспечивают лучший инструмент для понимания структуры белка и биологической функции, но они часто повреждают кристалл, который может потребовать повторных экспериментов, которые добавляют время и стоят к исследованию.«Хотя кристаллография рентгена – дежурная техника для определения структуры белка и функции, это не без проблем», сказал Анджей Джоучимиэк в Аргонне. Использование сильного рентгена излучает радиационное поражение причин, приводящее к потере данных и слабой дифракции кристаллов. В конце это приводит к неполной картине структуры, и того, как молекулы взаимодействуют друг с другом и их средой.

«Проблема происходит, когда кристалл белка поглощает энергию от поступающего рентгена, которая испускает электроны, которые разрушают или изменяют части образца», сказал Джоучимиэк.Исследовательская группа исследовала три различных основанных на рентгене метода на решение структур белка и рекомендовала ту, названную «линия подмикрометра, сосредотачивающаяся» как самое многообещающее для освобождения дилеммы.

Как его имя предполагает, луч ударяет кристалл белка областью, меньшей, чем микрометр или меньшей, чем тысячный из миллиметра. Крошечная зона поражения минимизирует повреждение. Также как его имя, луч сосредоточен как вертикальная линия, поставив более сконцентрированную дозу рентгена за область.

Исследователи также предложили использовать новую линзу, которую они проектировали, который ломает сильный луч во многие мини-лучи, располагаемые достаточно далеко обособленно, что повреждение, которое создает один мини-луч, находится за пределами области, исследованной, гранича с мини-лучами.«Тщательно делая интервалы между лучами, мы можем уменьшить повреждение, собрать лучшие данные и сделать это быстрее», сказал Джоучимиэк. «И потому что есть несколько лучей, а не всего один выпускаемый одновременно, мы можем собрать большее количество полезных данных».Средства синхротрона как Advanced Photon Source (APS) САМКИ в Аргонне содержат системы ускорителя частиц, разработанные, чтобы произвести чрезвычайно яркие и высокоэнергетические лучи рентгена.

На этих предприятиях ученые могут всмотреться глубоко в строение атома молекул, используя метод кристаллографии рентгена.Ученые должны видеть то, на что похожи молекулы, особенно белки.

В то время как молекулы слишком маленькие, чтобы визуализироваться непосредственно, их форма может быть восстановлена, смотря на образцы того, как рентген дифрагировал, или разброс, от них. Кристаллография использует кристаллы белков, потому что у кристаллов есть повторяющиеся образцы, которые дают ученым достаточно данных, чтобы восстановить точную форму как 3D модель. От этой формы ученые могут часто определять химические взаимодействия и процессы, которые могут использоваться, чтобы проектировать фармацевтические препараты.В этом исследовании команда посмотрела на глубину проникновения разрушительных электронов и в распространении или распределении поврежденной области на кристалле белка.

В то время как более ранние исследования признали проблему, эта команда первая, чтобы собрать данные с высоким разрешением и непосредственно измерить поврежденную область, используя луч центра линии. Команда также нашла, что более ранняя работа недооценила глубину проблемы.

Результаты помогут исследователям синхротрона, в то время как они продолжают разрабатывать более блестящие и сильные инструменты, такие как те в APS.Результаты и рекомендации описаны в работе, опубликованной в августе в Протоколах Раздел D Crystallographica: Биологическая Кристаллография, названная «Смягчение рентгена, повреждает в макромолекулярной кристаллографии сосредоточением линии подмикрометра».


Блог обо всем